Oligonukleotidien synteesi liukoisella saostettavalla kantajalla - Ylikangas, Tiia (My University, 2021)
Oligonukleotidien käytön yleistyminen lääkekehityksessä on luonut tarpeen valmistaa niitä entistä suuremmassa mittakaavassa. Oligonukleotideja tuotetaan teollisuuden tarpeisiin yleisimmin automatisoidussa synteesissä kiintokantajalla käyttäen hyväksi fosforamidiittikemiaa. Teollisessa tuotannossa on kuitenkin tarve edellä mainittua paremmin skaalautuville valmistusmenetelmille. Valmistusprosessien kehittämisessä tulee ottaa huomioon myös entistä enemmän ekologisesti kestäviä ratkaisuja. Yhtenä kustannustehokkaana vaihtoehtona on oligonukleotidien synteesi liuoksessa liukoisella, saostettavalla kantajalla. Liuossynteesissä kasvavan oligonukleotidiketjun ensimmäinen nukleosidi on ankkuroitu linkkerin välityksellä kantajaan, joka on liukoinen reaktio-olosuhteissa mutta saostuu helposti liuotinolosuhteita muuttamalla. Synteesissä voidaan käyttää fosforamidiitti-, H-fosfonaatti- ja fosfotriesterimenetelmää. Jokaisessa näistä menetelmistä toistetaan useampivaiheista reaktiosykliä ja jokainen sykli pidentää kantajaan ankkuroitua kasvavaa polymeeriketjua yhdellä nukleotidillä. Reaktiosyklin jälkeinen puhdistus voidaan tehdä helposti saostamalla. Tämä sopii paremmin suuremman mittakaavan synteesiin kuin perinteisempi kromatografinen puhdistus. Pro gradu -tutkielman johdanto-osassa käsitellään liukoisen saostettavan kantajan käyttöä oligonukleotidien syntetiikassa. Kokeellisessa osassa on kehitetty ja optimoitu lyhyen oligodeoksiribonukleotidin synteesistrategia käyttäen asetaalisuojattua tymidiinifosforamidiittia rakennusyksikkönä ja tetrapodaalista pentaerytritolipohjaista kantajaa.
Keywords: liuossynteesi, oligonukleotidi, liukoinen saostettava kantaja, fosforamidiittimenetelmä, asetaalisuojaus