Aivojen muovautuvuus — p75 hermokasvutekijäreseptoriin liittyvät geenit ja geeniverkostot keskushermostossa - Sajanti, Antti (My University, 2020)
P75-reseptori on tärkeä aivojen muovautuvuuden ja apoptoosin säätelijä. Tutkijoita on pitkään mietityttänyt p75-reseptorin monitahoinen tehtävä muovautuvuudessa, solujen selviytymisessä sekä solukuolemassa. Vielä kehittyvissä aivoissa p75-reseptorilla on keskeinen rooli synapsien ja yhteyksien muodostuksessa, karsiutumisessa, myelinaatiossa ja solun jakautumisessa. Aikuisilla p75-reseptorin ekspressio kuitenkin vähenee merkittävästi. Kokeellisissa aivovauriomalleissa on havaittu, että aivovaurion jälkeen p75-reseptorin ekspressio neuroneissa lisääntyy ja p75-reseptorin aktivoituminen aivovaurion yhteydessä aiheuttaa apoptoottisen solukuoleman. P75-reseptorivälitteisen solukuoleman on arveltu olevan yksi vaikuttava tekijä myös Alzheimerin taudin synnyssä. Ymmärtääksemme paremmin p75-reseptorin toimintaa ja säätelyä suoritimme systemaattisen kirjallisuushaun Pubmed-tietokannasta, joka käsitti 2054 julkaisua p75-reseptoriin liittyen viimeisen 20 vuoden ajalta. Tiedonlouhintaa apunamme käyttäen tunnistimme näistä julkaisuista 235 p75-reseptoriin liittyvää geeniä. Analysoimme näiden p75-reseptoriin liittyvien geenien verkostot ja signalointireitit käyttämällä tekoälypohjaista ReactomeFIViz -ohjelmistoa. Geeniverkostoanalyysillä saimme selville louhituista 235:stä geenistä ne jotka muodostavat eniten yhteyksiä p75-reseptorin geeniverkostossa. Jatkoimme tekemällä vuorovaikutusanalyysin selvittääksemme mahdollisia muita p75-reseptoriin liittyviä geenejä louhittujen geenien ulkopuolelta. Tunnistimme louhittujen geenien ulkopuolelta seitsemän niin sanottua linkkigeeniä, jotka liittyvät p75-reseptoriin. Nämä geenit olivat GRB2, CTNNB1, EP300, MAPK1, MAPK3, SRC ja UBC. Löytyneistä linkkigeeneistä UBC, EP300 ja GRB2 osoittautuivat geeneiksi joita ei aikaisemmin ole tutkittu aivojen muovautuvuuden yhteydessä. Nämä kolme linkkigeeniä ja niiden tuottamat proteiinit voivat olla mielenkiintoisia tutkimuskohteita tulevaisuudessa liittyen akuuttiin aivovaurioon tai hermostoa rappeuttaviin sairauksiin kuten Alzheimerin tautiin.
Keywords: muovautuvuus, p75, neurologia, neurokirurgia