Arachnopeziza-sienisuvun lajit ja fylogenia - Erälinna, Maria (My University, 2025)
Arachnopeziza Fuckel on vuonna 1870 kuvattu sienisuku, johon kuuluvat lajit ovat vaihdelleet systematiikan menetelmien kehittyessä. Aiemmin morfologian ja histokemiallisten tuntomerkkien perusteella pääteltyjä taksonien sukulaisuussuhteita eli fylogeniaa voidaan tarkastella uudelleen modernien geneettisten ja tilastotieteellisten menetelmien avulla. Lisäksi kansainvälistä tutkimusta on nopeuttanut ja helpottanut eri puolilta maailmaa kerättyjen ja määriteltyjen näytteiden perimän sekvessidatan kokoaminen julkisille sähköisille alustoille. Tässä kandidaattitutkielmassa tutkittiin ensin kirjallisuuden perusteella, mitkä lajit katsotaan kuuluvaksi Arachnopeziza-sienisukuun. Tämän jälkeen suvun lajien sisäisiä sukulaisuussuhteita tutkittiin Maximum likelihood (ML) -menetelmällä, jonka analyysin tuotteena syntyy fylogeneettinen puu. Aineistoina toimivat MycoBank-tietokannasta löytyvät Arachnopeziza-suvun lajinimet ja GenBank-tietokantaan Arachnopeziza-suvun lajitasolle määritellyt SSU-LSU geenialueen sekvessit. Tavoitteena oli selvittää Arachnopeziza-sienisukuun kuuluvat lajit ja niiden keskinäiset sukulaisuussuhteet. Ensin listattiin sukuun tällä hetkellä kuuluvat lajit karsimalla suvun lajeiksi listatuista nimistä pois vanhentuneet nimet, kuten synonyymit. Lisäksi verrattiin fylogeneettisesti sekvenssidatasta sukuun nimettyjen lajien keskinäistä sukulaisuutta, ulkoryhmänä Eriopezia caesia. Toinen ML-tarkastelu kohdistettiin pelkästään lajeihin A. aurata ja A. delicatula, ulkoryhmänä A. sphagniseda. Kirjallisuuden perusteella Arachnopeziza-sukuun todettiin kuuluvaksi 32 lajia, joista 12 lajista oli sekvenssiaineisto saatavilla ML-analyysejä varten. Ensimmäisen ML-analyysin tuloksena tutkituista 12 lajista ainoastaan lajit A. delicatula ja A. aurata eivät ryhmäydy lajinimiensä mukaisesti. Näistä selvästi omaksi joukokseen erottuu ”todellinen” A. aurata”. Muut A. delicatula ja A. aurata -näytteet edustavat todennäköisesti lajia A. delicatula.