RNA:n partikkelipohjainen eristäminen nisäkässoluista - Aho, Emma (My University, 2024)
Ribonkleiinihappo (RNA) on yksijuosteinen nukleotideistä koostuva polymeeri, jonka jokainen nukleotidi sisältää sokeri-, emäs- ja fosfaattiosan. RNA:lla on useita eri tehtäviä soluissa, mutta kuitenkin sen tunnetuin tehtävä on geneettisen tiedon välittäminen DNA:sta proteiinien aminohappojärjestykseksi. RNA:ta eristetään nisäkässoluista, jotta sitä voidaan hyödyntää erilaisissa molekyylibiologian kokeissa. Eristettyä RNA:ta tarvitaan niin geenitutkimuksessa, lääkekehityksessä taudinaiheuttajien havainnointiin kuin solubiologian perustutkimuksessa. Perinteiset kemialliset eristysmenetelmät perustuvat nestefaasierotukseen, jossa RNA sitoutuu vesifaasiin. Nämä menetelmät ovat kuitenkin työläitä ja aikaa vieviä niiden monien työvaiheiden sekä pienten saantojen takia. Paramagneettisilla partikkeleilla tehtävä partikkelipohjainen eristys on uudempi eristysmenetelmä, ja se on noussut erittäin potentiaaliseksi menetelmäksi filtteripohjaisten eristysmenetelmien rinnalle. Yhdessä nämä menetelmät ovat lähes syrjäyttäneet perinteiset kemialliset eristysmenetelmät. Partikkelipohjaisen eristyksen edut tulevat esiin sen käyttökustannuksissa, nopeudessa ja helppokäyttöisyydessä. Partikkelien paramagneettisuus mahdollistaa niiden dispergoitumisen liuoksessa, mikä lisää RNA-molekyylien sitoutumiskapasiteettia, sillä partikkelit eivät aggregoidu yhteen. Partikkeleita on kaupallisesti saatavilla paljon erilaisia, ja valinta käytettävistä partikkeleista tehdään sen perusteella, halutaanko eristää esimerkiksi totaali-RNA:ta vai lähetti-RNA:ta (mRNA). Usein partikkelit sisältävät metallioksidiytimen, jonka pintaan on sidottu kovalenttisesti silaanipinnoite. Tämän pintaan lisätään vielä funktionaalisia ryhmiä esimerkiksi oligonukleotidiketjuja, piidioksidia tai karboksyyliryhmiä, jotta sitoutuminen RNA-molekyylin kanssa on mahdollisimman vahva. Käytettävät partikkelit vaikuttavat myös eristysprotokollan valintaan, joiden perusperiaatteet ovat kuitenkin samanlaiset. Kandidaatintutkielmassani kerron erilaisista RNA:n eristysmenetelmistä, jonka jälkeen keskityn tarkemmin totaali-RNA:n partikkelipohjaiseen eristykseen. Tämän jälkeen vertailen eristysmenetelmiä sekä pohdin tulevaisuuden näkymiä.
Keywords: RNA, totaali-RNA, nukleiinihappo, eristäminen, magneettipartikkelit, kiinteänesteuutto