Proteiinirakenteiden kolmiulotteinen päällekkäin asetus ja niiden kolmiulotteisen samankaltaisuuden vertailu - Knuutila, Sanni (My University, 2025)
Tutkielmassa tarkastellaan proteiinirakenteiden kolmiulotteisen päällekkäinasetuksen menetelmiä ja niiden soveltuvuutta proteiinien rakenteellisen samankaltaisuuden arviointiin. Tavoitteena on vertailla olemassa olevia menetelmiä ja selvittää, mitkä niistä tarjoavat parhaan yhdistelmän tarkkuutta, laskennallista tehokkuutta ja käytännön sovellettavuutta eri bioinformatiikan tarpeissa. Tutkimus on teoreettinen ja perustuu pääasiassa tieteellisiin artikkeleihin sekä alan keskeiseen kirjallisuuteen ja menetelmäkuvauksiin. Analyysin kohteena ovat menetelmät VAST, TM-align, DALI, GTalign ja Foldseek, jotka hyödyntävät erilaisia algoritmeja proteiinien kolmiulotteiseen kohdistamiseen. Näiden menetelmien toimintaperiaatteita ja eroja arvioidaan keskeisten mittareiden, kuten RMSD:n, TM-scoren ja Z-pisteytyksen, avulla. Lisäksi tutkielmassa pohditaan menetelmien soveltuvuutta erityyppisiin tietokantoihin ja käyttötarkoituksiin, kuten evoluutiotutkimuksiin, toiminnallisten alueiden tunnistamiseen ja suurten aineistojen seulontaan. Tulosten perusteella GTalign osoittautuu tehokkaimmaksi työkaluksi laajoissa tietokanta-analyyseissä. DALI puolestaan säilyttää asemansa tarkkana menetelmä- nä biologisten homologioiden tunnistamisessa, ja TM-align tarjoaa tasapainon tark- kuuden ja suorituskyvyn välillä. Foldseek on hyödyllinen erityisesti alustavissa seulonnoissa nopeutensa ansiosta. Tutkielma korostaa kolmiulotteisen rakennevertailun keskeistä roolia bioinformatiikassa ja sen kasvavaa merkitystä nykyaikaisen rakennetiedon hallinnassa.
Keywords: proteiinirakenne, kolmiulotteinen rakenne, rakenteiden vertailu, päällekkäinasetus