In vivo jatkuva evoluutio sitojaproteiinien muokkauksessa - Kallioinen, Hilla (My University, 2026)
Sitojaproteiineja on muokattu jo kauan perinteisillä ohjatun evoluution menetelmillä. Ne ovat kuitenkin aikaa vieviä ja työläitä, minkä takia on haluttu kehittää in vivo jatkuvan evoluution menetelmä. In vivo jatkuva evoluutio on menetelmä, jossa koko proteiinimuokkaus muunnetaan yhdeksi biologiseksi prosessiksi. Siinä geenin monipuolistaminen sekä valikointi tapahtuu kokonaan tai lähes kokonaan solun sisällä. Sitojaproteiinien sitoutumisaffiniteetin sekä spesifisyyden parantamisessa on hyödynnetty faagiavusteista jatkuvan evoluution menetelmää (PACE). PACE on in vivo jatkuvan evoluution tunnetuin ja käytetyin menetelmä. Sitä on hyödynnetty niin lääketieteellisiin kuin maataloudellisiin tarkoituksiin. Hiivan pintanäyttö (YSD) on toinen tekniikka, jota on hyödynnetty sitojaproteiinien muokkauksessa. YSD ei itsessään ole in vivo jatkuvan evoluution menetelmä, mutta se on mahdollista integroida osaksi sitä. YSD kuitenkin vaatii muokkausta, jotta se voidaan onnistuneesti integroida osaksi in vivo jatkuvaa evoluutiota. In vivo jatkuva evoluutio on melko uusi, mutta lupaava menetelmä. Tutkielmassa esitellyt menetelmät ja sovellukset osoittavat, että in vivo jatkuva evoluutio menetelmä avaa uusia ovia sitojaproteiinimuokkauksessa. Sitä voidaan hyödyntää laajasti eri tarkoituksiin. In vivo jatkuvan evoluution avulla voidaan alentaa sitojaproteiinien kehityskustannuksia ja tehdä niiden muokkauksesta nopeampaa sekä helpompaa.
Keywords: In vivo jatkuva evoluutio; sitojaproteiinit