Community dynamics in spatially structured experimental bacterial communities - Alitupa, Elizaveta (My University, 2022)
This master's thesis consists of seven separate parts. The first section is an introduction, during which I introduce basic concepts, for example, by explaining what a metacommunity and metapopulation are, what are the most common ecological models and why they are important to the topic of the thesis. I will also talk about the threat, posed by antibiotics and why it is important to study antibiotic resistance in bacteria. At the end of the introduction, I present the main research questions and hypotheses related to the thesis. In the second part, I present a detailed description of the methods of the experiments and the different work steps to study the effect of bacterial migration on antibiotic resistance, as well as the development of antibiotic resistance in bacteria and changes in population dynamics. In the results section, I present the results from these experiments and analyze them. After that, I will present results from related studies and compare their results with my own. I consider the purpose of the results, and what kind of possible conclusions can be drawn from them. For example, I will tell you how important migration is according to the results and how it can change community composition. In the section of discussion, I will also talk about possible sources of error and future experiments that would provide more information on the topic. The last sections of the master's thesis contain acknowledgments, a list of references and final part is the appendices, which contain an even more detailed description of the work steps of the experiments performed during the master’s thesis.

Kyseinen Pro gradu -tutkielma koostuu seitsemästä erillisestä osasta. Ensimmäinen osio on johdanto, jonka aikana perehdytän lukijan, aiheen peruskäsitteistöön, esimerkiksi selittämällä mitä on metayhteisö ja metapopulaatio, mitkä ovat niiden yleisimmät mallit ja miksi ne ovat tärkeitä tutkielman aiheen kannalta. Kerron myös antibioottien tuomasta uhasta nykypäivinä ja miksi bakteereiden antibioottiresistenttiyttä olisi tärkeää tutkia. Johdannon lopussa esittelen tärkeimmät tutkimuskysymykset, joihin pyrin tutkielman avulla vastaamaan, sekä kerron keskeisimmät hypoteesini liittyen tutkielmassa tehtyjen kokeiden tuloksiin. Toisessa osassa esittelen tarkan kuvauksen tutkielman yhteydessä suoritettujen kokeiden menetelmistä ja erilaisista työvaiheista, joiden tarkoituksena oli tutkia bakteereiden migraation vaikutusta bakteeriyhteisöjen rakenteeseen, sekä antibioottiresistenttiyden kehittymistä bakteereilla ja muutoksia populaatiodynamiikassa. Tulokset-osiossa perehdytän lukijan tuloksiin ja analysoin niitä. Tämän jälkeen esittelen muita tutkimuksia, joita on tehty kyseisestä aiheesta ja vertailen niiden tuloksia omista kokeista saatuihin tuloksiin. Pohdin tulosten tarkoitusta, ja minkälaisia mahdollisia johtopäätöksiä niistä voi tehdä mm. kerron miten tärkeä migraatio on ja millä tavoin sen avulla bakteerit voivat saavuttaa antibioottiresistenttiyden. Pohdinta-osiossa kerron myös mahdollisista virhelähteistä ja tulevaisuuden kokeista, jotka antaisivat lisää informaatiota aiheesta. Pro gradu -tutkielman viimeiset osiot sisältävät kiitokset, lähdeluettelon, johon on kerätty kaikki tutkielmassa käytetyt lähteet, sekä viimeisenä liitteet, jotka sisältävät vielä tarkemman kuvauksen tutkielman aikana suoritettujen kokeiden työvaiheista.
Keywords: Metacommunity, metapopulation, migration, antibiotic resistance, bacteria