Transkriptomiikkamenetelmien käyttökelpoisuuden vertailu ohitusleikatuilla eteiskammiokatkospotilailla - Toiviainen, Anna-Reetta (My University, 2026)
Transkriptomiikka on jatkuvasti kehittyvä molekyylibiologian ala, jonka avulla tutkitaan RNA-molekyylien tuotantoa soluissa. Se tarjoaa mahdollisuuden tarkastella solujen toimintaa tietyllä ajanhetkellä ja erilaisissa olosuhteissa, minkä ansiosta transkriptomiikan menetelmät soveltuvat erinomaisesti solujen vasteiden tutkimiseen sekä fysiologisissa että patologisissa tilanteissa. Nämä menetelmät ovatkin vakiinnuttaneet paikkansa etenkin lääkekehityksen, lääketieteellisen tutkimuksen ja bioteknologian aloilla. Menetelmien kehitys, erityisesti siirtymä hybridisaatiopohjaisista teknologioista korkean läpimenon sekvensointimenetelmiin, on merkittävästi monipuolistanut transkriptomiikan käyttömahdollisuuksia. Tämän kehityksen myötä transkriptomiikasta onkin tullut keskeinen työkalu modernissa biotieteessä. Tämä kirjallisuuskatsaus on osa laajempaa tutkimuskokonaisuutta, joka pyrkii tunnistamaan uuden ensimmäisen asteen eteis-kammiokatkoksen kehittymiseen liittyviä kudos- ja solutason muutoksia sydämen ohitusleikkauksen jälkeen. Tarkastelussa verrataan potilaita, joille AV-katkos kehittyy sydämen ohitusleikkauksen jälkeen, potilaisiin, joilla AV-katkosta ei esiinny pre- tai postoperatiivisesti. Aineistona käytetään leikkauksen yhteydessä kerättyjä jäädytettyjä kudosnäytteitä. Tämän kirjallisuuskatsauksen tarkoituksena on arvioida ja vertailla eri transkriptomiikan menetelmiä sekä määrittää niiden soveltuvuus edellä mainitun tutkimuksen tarpeisiin. Tutkielmassa analysoitiin yleisimpiä transkriptomiikan menetelmiä ja selvitettiin niiden käyttökelpoisuutta ennalta määriteltyyn tutkimusasetelmaan. Tulokseksi saatiin, että tumasekvensointi on kyseisessä kontekstissa käyttökelpoisin sen sopiessa jääleikkeille ja ollen hyvä hypoteesia generoivan tutkimuksen kontekstissa. Tumasekvensoinnissa menetetään kuitenkin spatiaalisen sekvensoinnin mahdollistama paikkaan liittyvä informaatio. Lisäksi etenkin tumien eristäminen on kuitenkin menetelmän haasteena.
Keywords: transkriptomiikka; sekvensointi