Validation of novel prognostic biomarkers for treatment response in ovarian cancer and FFPE-sample applicability
Rantala, Juha (2018-01-02)
Validation of novel prognostic biomarkers for treatment response in ovarian cancer and FFPE-sample applicability
Rantala, Juha
(02.01.2018)
Tätä artikkelia/julkaisua ei ole tallennettu UTUPubiin. Julkaisun tiedoissa voi kuitenkin olla linkki toisaalle tallennettuun artikkeliin / julkaisuun.
Turun yliopisto
Tiivistelmä
Munasarjasyöpä on Suomessa toiseksi yleisin gynekologinen syöpä ja aiheuttaa viidenneksi eniten naisten syöpäkuolemia. Kliinisesti merkittävin alatyyppi on high grade seroosit munasarjasyövät (HGSOvC). Tyypillisesti HGSOvC havaitaan vasta levinneessä vaiheessa. Myöhäisen diagnosoinnin lisäksi hoidolle suurena haasteena on se, että HGSOvC kehittäää usein nopeasti resistenssin perinteiselle platina-taksaani yhdistelmähoidolle, jonka vuoksi on tärkeää kehittää keinoja hoitovasteen ennustamiseen henkilökohtaisemman hoidon mahdollistamiseksi. Suoritin Pro Gradututkielmani Turun Yliopiston patologian yksikössä Olli Carpénin tutkimusryhmässä. Tutkimusryhmä on osa kansainvälistä syöpätutkimus konsortiota, jonka tavoitteena on parantaa epiteliaalisen munasarjasyövän hoitoa. Carpen tutkimusryhmä on kehittänyt yhdessä Helsingin Yliopistossa toimivan Sampsan Hautaniemen ryhmän kanssa algoritmin joka tunnistaa kliinisesti merkittäviä alatyyppejä suurista tietokannoista. Algoritmi havaitsi 57 geeniä, jotka erottelivat kolme ilmentymisprofiililtaan erilaista potilasryhmää joista kaksi edusti huonoa hoitovastetta (Poor I & II) ja yksi hyvää hoitovastetta (Good). Projektini tavoite oli biomarkkerien validointi tuorepakastetuilla näytteillä ja selvittää markkerien toimivuus klinikassa helposti saatavilla olevissa paraffiini-blokeissa. Päätehtävinäni projektissa oli suunnitella geenispesifiset Taqman qRT-PCR analyysit 28 biomarkkerille, validoida biomarkkerit tuorekudoksilla, optimoida RNA ja DNA eristys sekä cDNA synteesi FFPE-näytteille, testata tuorekudosnäytteillä validoidut markkerit FFPE-näytteillä ja selvittää vastaavatko saadut FFPE näytteiden tulokset tuorekudosnäytteiden analyysien tuloksia. Uusista biomarkkereista seitsemän pystyi tuorekudosnäytteiden tulosten perusteella erottamaan tilastollisesti merkitsevästi good ja poor II alatyypit ja validoitiin siten onnistuneesti. Tuorekudoksilla saatuja tuloksia ei pystytty kuitenkaan toistamaan FFPE-näytteillä Taqman qPCR määrityksissä. Pilottikokeissa Taqman qPCR:ää tarkemmalla Nanostring järjestelmällä FFPE ja tuorekudosnäytteiden tulokset vaikuttavat kuitenkin korreloivan.