Monivertailun ongelmista
Isaksson, Ida (2018-12-27)
Monivertailun ongelmista
(27.12.2018)
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
avoin
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201901081657
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201901081657
Tiivistelmä
Erityisesti geeni- ja mikrojonodatat ovat vauhdittaneet monivertailutestaamisen kehitystä. Teknologian nopea kehittyminen on mahdollistanut suurten aineistojen käsittelyn, mikä onkin nostanut esiin tyypillisiä monivertailun ongelmia.
Tutkijan kannalta yksi keskeisimmistä ongelmista onkin hylkäysvirheiden käsittely.
Yksittäisellä testillä on ennalta määritelty merkitsevyystaso, joka kertoo suurimman
sallitun todennäköisyyden tehdä hylkäysvirhe, eli todennäköisyyden hylätä virheellisesti tosi nollahypoteesi. Mitä enemmän testejä suoritetaan samanaikaisesti, sitä suuremmaksi kasvaa todennäköisyys, että yksi tai useampi nollahypoteesi hylätään virheellisesti. FDR-menetelmä, eli hylkäysvirheasteen rajoittamiseen pyrkivä menetelmä, on noussut yhdeksi suosituimmista tavoista käsitellä hylkäysvirheitä.
FDR-menetelmä pyrkii rajoittamaan tosien nollahypoteesien odotusarvoista osuutta kaikkien hylättyjen nollahypoteesien joukossa. Kyseisen menetelmän avulla saavutetaan enemmän merkitseviä löydöksiä kuin esimerkiksi Bonferroni-korjauksella,
kuitenkin niin, että hylkäysvirheaste pysyy halutulla tasolla.
Perinteisemmät monivertailumenetelmät, esimerkiksi Bonferroni-korjaus, keskittyvät hallitsemaan ainoastaan tyypin I virheen todennäköisyyttä. Suurten aineistojen tapauksessa nämä menetelmät ovat kuitenkin usein todella konservatiivisia.
Tutkijan kannalta yksi keskeisimmistä ongelmista onkin hylkäysvirheiden käsittely.
Yksittäisellä testillä on ennalta määritelty merkitsevyystaso, joka kertoo suurimman
sallitun todennäköisyyden tehdä hylkäysvirhe, eli todennäköisyyden hylätä virheellisesti tosi nollahypoteesi. Mitä enemmän testejä suoritetaan samanaikaisesti, sitä suuremmaksi kasvaa todennäköisyys, että yksi tai useampi nollahypoteesi hylätään virheellisesti. FDR-menetelmä, eli hylkäysvirheasteen rajoittamiseen pyrkivä menetelmä, on noussut yhdeksi suosituimmista tavoista käsitellä hylkäysvirheitä.
FDR-menetelmä pyrkii rajoittamaan tosien nollahypoteesien odotusarvoista osuutta kaikkien hylättyjen nollahypoteesien joukossa. Kyseisen menetelmän avulla saavutetaan enemmän merkitseviä löydöksiä kuin esimerkiksi Bonferroni-korjauksella,
kuitenkin niin, että hylkäysvirheaste pysyy halutulla tasolla.
Perinteisemmät monivertailumenetelmät, esimerkiksi Bonferroni-korjaus, keskittyvät hallitsemaan ainoastaan tyypin I virheen todennäköisyyttä. Suurten aineistojen tapauksessa nämä menetelmät ovat kuitenkin usein todella konservatiivisia.