Nielutulehduksia aiheuttaneiden A-streptokokkien emm-tyypit Varsinais-Suomessa
Virolainen, Mirva (2018-10-24)
Nielutulehduksia aiheuttaneiden A-streptokokkien emm-tyypit Varsinais-Suomessa
(24.10.2018)
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
suljettu
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201901112001
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201901112001
Tiivistelmä
Streptococcus pyogenes eli A-streptokokki (GAS, Group A Streptococcus) on kokkibakteeri, joka on merkittävä ihmisen taudinaiheuttaja. Sen aiheuttamien infektioiden vakavuusasteet vaihtelevat lievistä nielutulehduksista aina henkeä uhkaaviin invasiivisiin tautimuotoihin, kuten bakteremiaan, asti. Yleisin GAS:n aiheuttama tautimuoto on nielutulehdus, ja sairastavuus siihen on suurta ympäri maailman. GAS-nielutulehdukset aiheuttavat runsaasti kustannuksia, minkä lisäksi ne ovat aina riski invasiivisen infektion kehittymiselle. GAS-infektioiden epidemiologisessa tutkimuksessa käytetään usein emm-tyypitystä, joka perustuu bakteerin tärkeän virulenssitekijän, M-proteiinin, geenin sekvenssin määrittämiseen. emm-tyyppijakaumia on tutkittu paljon invasiivisista infektioista, mutta nielutulehduksista tutkimustuloksia on vähemmän. Tässä syventävien opintojen työssä tutkittiin Varsinais-Suomen sairaanhoitopiirissä eristettyjen GAS-nielutulehduskantojen emm-tyyppijakaumia. Lisäksi selvitettiin nielutulehdusta sairastaneiden potilaiden ikä- ja sukupuolijakaumia.
Tutkimukseen kerättiin kaikki Tyks kliinisen mikrobiologian osaston GAS-nielutulehduskannat helmi-maaliskuussa ja syys-lokakuussa 2017. Kantojen oikeellisuus varmistettiin kaupallisella agglutinaatiotestillä. Kaikille kannoille tehtiin emm-tyypitys käyttämällä High Resolution Melting (HRM) -menetelmää, joka tunnisti viisi emm-tyyppiä. HRM-menetelmän toimivuus varmistettiin ja menetelmällä negatiiviseksi jääneet kannat sekvensoitiin.
GAS-nielutulehduskantoja kerättiin yhteensä 357. Löydöksiä oli eniten ikäryhmässä 5-9 vuotta (23 % kaikista tapauksista). Miehillä löydöksiä oli eniten ikäryhmissä 0-9 vuotta ja naisilla 20-24 vuotta sekä 30-34 vuotta. Eri emm-tyyppejä löydettiin 19. Yleisimmät olivat emm89, emm12, emm28 ja emm1 (81 % tapauksista). Samojen emm¬-tyyppien tiedetään olevan yleisimpiä myös invasiivisissa GAS-infektioissa Suomessa. emm12 havaittiin yleisemmäksi keväällä ja emm89 syksyllä. Alle 5-vuotiailla emm12 ja 20-24-vuotiailla muut kuin tutkimuksen neljä yleisintä emm-tyyppiä havaittiin olevan yleisimpiä.
Tutkimukseen kerättiin kaikki Tyks kliinisen mikrobiologian osaston GAS-nielutulehduskannat helmi-maaliskuussa ja syys-lokakuussa 2017. Kantojen oikeellisuus varmistettiin kaupallisella agglutinaatiotestillä. Kaikille kannoille tehtiin emm-tyypitys käyttämällä High Resolution Melting (HRM) -menetelmää, joka tunnisti viisi emm-tyyppiä. HRM-menetelmän toimivuus varmistettiin ja menetelmällä negatiiviseksi jääneet kannat sekvensoitiin.
GAS-nielutulehduskantoja kerättiin yhteensä 357. Löydöksiä oli eniten ikäryhmässä 5-9 vuotta (23 % kaikista tapauksista). Miehillä löydöksiä oli eniten ikäryhmissä 0-9 vuotta ja naisilla 20-24 vuotta sekä 30-34 vuotta. Eri emm-tyyppejä löydettiin 19. Yleisimmät olivat emm89, emm12, emm28 ja emm1 (81 % tapauksista). Samojen emm¬-tyyppien tiedetään olevan yleisimpiä myös invasiivisissa GAS-infektioissa Suomessa. emm12 havaittiin yleisemmäksi keväällä ja emm89 syksyllä. Alle 5-vuotiailla emm12 ja 20-24-vuotiailla muut kuin tutkimuksen neljä yleisintä emm-tyyppiä havaittiin olevan yleisimpiä.