Hyppää sisältöön
    • Suomeksi
    • In English
  • Suomeksi
  • In English
  • Kirjaudu
Näytä aineisto 
  •   Etusivu
  • 1. Kirjat ja opinnäytteet
  • Pro gradu -tutkielmat ja diplomityöt sekä syventävien opintojen opinnäytetyöt (rajattu näkyvyys)
  • Näytä aineisto
  •   Etusivu
  • 1. Kirjat ja opinnäytteet
  • Pro gradu -tutkielmat ja diplomityöt sekä syventävien opintojen opinnäytetyöt (rajattu näkyvyys)
  • Näytä aineisto
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

HiChIP-menetelmän käyttöönotto leukemiasolujen kromatiinivuorovaikutusten tutkimiseksi

Kronström, Raili (2019-05-02)

HiChIP-menetelmän käyttöönotto leukemiasolujen kromatiinivuorovaikutusten tutkimiseksi

Kronström, Raili
(02.05.2019)
Katso/Avaa
Kronstrom_Raili_diplomityo.pdf (1.123Mb)
Lataukset: 

Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
suljettu
Näytä kaikki kuvailutiedot
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2019053118086
Tiivistelmä
Akuutti lymfaattinen leukemia (ALL) on yleisin lasten syöpätyyppi, johon sairastuu Suo-messa vuosittain n. 40 lasta. ALL:n taustalla ovat muutokset solujen kehitystä säätelevien geenien toiminnassa. Tiedetään, että geenien säätelyalueet, kuten tehostaja-alueet ja promoottorit vaikuttavat yhdessä geenien aktiivisuuteen. Nämä säätelyalueet voivat olla vuorovaikutuksessa keskenään pitkienkin välimatkojen päässä toisistaan kromatii-nin muodostaessa silmukkarakenteita. Näiden vuorovaikutussuhteiden tutkimiseksi on kehitelty useita menetelmiä, jotka perustuvat kromatiinin silmukkarakenteen kiinnittä-miseen in situ ja silmukoiden liitoskohtien eristämiseen.

Diplomityön tavoitteena oli ottaa käyttöön Mumbachin ja muiden 2016 julkaisema HiChIP menetelmä. HiChIP on monimutkainen genominlaajuisia kromatiinivuorovaikutuksia tutkiva menetelmä, joka yhdistää kromatiinirakenteen kaappausmenetelmän (Hi-C:n), kromatiini-immunosaostuksen (ChIP) ja parittaissekvensoinnin. Menetelmää voidaan hyödyntää kromatiinivuorovaikutusten analysoimisessa aikaisempaa pienemmillä määrillä soluja, säästäen työhön käytettävää aikaa ja kustannuksia.

HiChIP-menetelmän pystytys toteutettiin alkuperäisartikkelin mukaisesti ja menetelmä testattiin ja optimoitiin CCRF-CEM-solulinjalla. Kromatiini-immunosaostus tehtiin geenien promoottoreihin sitoutuvaa POLR2A proteiinia tunnistavalla vasta-aineella. Positiivisena kontrollina käytettiin H3K4me3 vasta-ainetta. HiChIP-menetelmä saatiin pystytettyä onnistuneesti. Työtä jatketaan vielä bioinformatiikka-analyysillä, jossa tutkitaan kromatiinin vuorovaikutussuhteita säätelyalueiden ja tehostaja-alueiden välillä.
Kokoelmat
  • Pro gradu -tutkielmat ja diplomityöt sekä syventävien opintojen opinnäytetyöt (rajattu näkyvyys) [5144]

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste
 

 

Tämä kokoelma

JulkaisuajatTekijätNimekkeetAsiasanatTiedekuntaLaitosOppiaineYhteisöt ja kokoelmat

Omat tiedot

Kirjaudu sisäänRekisteröidy

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste