ANO7-geenin transkriptioprofiili eturauhassyöpäsoluissa
Kauppinen, Anni (2020-05-31)
ANO7-geenin transkriptioprofiili eturauhassyöpäsoluissa
(31.05.2020)
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
suljettu
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2020081560594
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2020081560594
Tiivistelmä
Tällä hetkellä PSA-testin perusteella diagnosoidaan liikaa ja hoidetaan liian järeillä menetelmillä eturauhassyöpiä, jotka eivät johtaisi letaaliin tautiin potilaan elinaikana. Käytössä olevat syöpähoidot eivät myöskään paranna kastraatioresistenttiä tautimuotoa, ja hoitojen mahdolliset haittavaikutukset voivat olla selvästi potilaan elämänlaatua heikentäviä. Tämän vuoksi tarvitaan uusia bioilmaisimia (engl. biomarker), joiden avulla jo syövän varhaisessa, ja siksi vielä parannettavassa vaiheessa, voitaisiin tunnistaa ne potilaat, jotka tulisi hoitaa mahdollisimman aggressiivisesti. Näin hoidot saataisiin kohdistettua niihin potilaisiin, jotka niitä tarvitsevat ja niistä hyötyvät, ja vähennettyä turhien hoitojen potilaille aiheuttamaa kärsimystä.
Prof. Schleutkerin ryhmän, jossa tämä tutkielma tehtiin, ANO7-tutkimuksissa ensisijainen tavoite on selvittää, sopiiko ANO7 aggressiivisen syövän bioilmaisimeksi. Tutkimusta tarvitaan myös uusien, tehokkaampien ja potilaalle vähemmän haitallisten hoitomuotojen kehittämiseksi. ANO7:n ilmentymisen rajoittuminen terveeseen eturauhaseen, hyvänlaatuisen liikakasvun eturauhaseen sekä eturauhastuumoriin, ja ANO7:n täyspitkän geenivariantin tuottaman proteiinin sijainti solukalvolla tekevät siitä mahdollisen kohteen tulevaisuuden vasta-aineisiin perustuvien syöpähoidoitojen kehittämiselle.
Tämän Pro Gradu -tutkielman tarkoituksena oli tutkia ANO7-geenin lyhyen ja pitkän variantin, sekä proteiinien ilmenemistä eturauhassyöpäpotilailla ja kaupallisissa syöpäsolulinjoissa, sekä testata kaupallisilla solulinjoilla DHT:n vaikutuksia geenin ilmenemiseen, ja etsiä mahdollisia ennustettuja variantteja tästä geenistä. Tietokonemallinnuksessa tarkoituksena oli identifioida ennustettuja transkripteja, ja hahmottaa geenialueen laajuutta, sekä analysoida potilasnäyte- ja solulinjatranskriptomista silmikointitapahtumia.
Tutkielmassa osoitettiin ANO7:n lyhyen variantin ilmenevän kaikissa potilasnäytteissä, sekä 22Rv1-ATCC ja VCaP soluissa. Heikko ANO7:n ilmentyminen havaittiin MCF-7 ja LNCaP soluissa. DHT-käsittelyn havaittiin voimistavan ANO7:n lyhyen variantin ilmentymistä 22Rv1-ATCC ja VCaP soluissa. 3’ RACE -kokeissa löydettiin kolme aikaisemmin tuntematonta ANO7 varianttia. Proteiinitöissä löydettiin kaksi mahdollista varianttia, jotka varmistuessaan olisivat entuudestaan tuntemattomia ANO7 proteiinivarianttia. Silmikointitapahtumia selvittävissä karttatöissä havaittiin ANO7:n pitkän variantin mahdollisesti ilmenevän vaihtoehtoisia silmikointimuotoja heikommin, ja löydettiin toistaiseksi tuntemattomia geenialueen loppupään silmikointivariantteja. Karttatöissä havaittiin myös suurimman osan solulinja- ja solusiirrännäisnäytteistä sekä potilasnäytteistä ilmentävän jotakin tietokonemallinnuksella ennustetuista ANO7transkriptivarianteista.
Prof. Schleutkerin ryhmän, jossa tämä tutkielma tehtiin, ANO7-tutkimuksissa ensisijainen tavoite on selvittää, sopiiko ANO7 aggressiivisen syövän bioilmaisimeksi. Tutkimusta tarvitaan myös uusien, tehokkaampien ja potilaalle vähemmän haitallisten hoitomuotojen kehittämiseksi. ANO7:n ilmentymisen rajoittuminen terveeseen eturauhaseen, hyvänlaatuisen liikakasvun eturauhaseen sekä eturauhastuumoriin, ja ANO7:n täyspitkän geenivariantin tuottaman proteiinin sijainti solukalvolla tekevät siitä mahdollisen kohteen tulevaisuuden vasta-aineisiin perustuvien syöpähoidoitojen kehittämiselle.
Tämän Pro Gradu -tutkielman tarkoituksena oli tutkia ANO7-geenin lyhyen ja pitkän variantin, sekä proteiinien ilmenemistä eturauhassyöpäpotilailla ja kaupallisissa syöpäsolulinjoissa, sekä testata kaupallisilla solulinjoilla DHT:n vaikutuksia geenin ilmenemiseen, ja etsiä mahdollisia ennustettuja variantteja tästä geenistä. Tietokonemallinnuksessa tarkoituksena oli identifioida ennustettuja transkripteja, ja hahmottaa geenialueen laajuutta, sekä analysoida potilasnäyte- ja solulinjatranskriptomista silmikointitapahtumia.
Tutkielmassa osoitettiin ANO7:n lyhyen variantin ilmenevän kaikissa potilasnäytteissä, sekä 22Rv1-ATCC ja VCaP soluissa. Heikko ANO7:n ilmentyminen havaittiin MCF-7 ja LNCaP soluissa. DHT-käsittelyn havaittiin voimistavan ANO7:n lyhyen variantin ilmentymistä 22Rv1-ATCC ja VCaP soluissa. 3’ RACE -kokeissa löydettiin kolme aikaisemmin tuntematonta ANO7 varianttia. Proteiinitöissä löydettiin kaksi mahdollista varianttia, jotka varmistuessaan olisivat entuudestaan tuntemattomia ANO7 proteiinivarianttia. Silmikointitapahtumia selvittävissä karttatöissä havaittiin ANO7:n pitkän variantin mahdollisesti ilmenevän vaihtoehtoisia silmikointimuotoja heikommin, ja löydettiin toistaiseksi tuntemattomia geenialueen loppupään silmikointivariantteja. Karttatöissä havaittiin myös suurimman osan solulinja- ja solusiirrännäisnäytteistä sekä potilasnäytteistä ilmentävän jotakin tietokonemallinnuksella ennustetuista ANO7transkriptivarianteista.