Hyppää sisältöön
    • Suomeksi
    • In English
  • Suomeksi
  • In English
  • Kirjaudu
Näytä aineisto 
  •   Etusivu
  • 1. Kirjat ja opinnäytteet
  • Pro gradu -tutkielmat ja diplomityöt sekä syventävien opintojen opinnäytetyöt (kokotekstit)
  • Näytä aineisto
  •   Etusivu
  • 1. Kirjat ja opinnäytteet
  • Pro gradu -tutkielmat ja diplomityöt sekä syventävien opintojen opinnäytetyöt (kokotekstit)
  • Näytä aineisto
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Development of pipeline for gut microbiome data analysis using R programming

Mathew, Binu (2022-01-31)

Development of pipeline for gut microbiome data analysis using R programming

Mathew, Binu
(31.01.2022)
Katso/Avaa
Mathew_Binu_Thesis.pdf (2.163Mb)
Lataukset: 

Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
avoin
Näytä kaikki kuvailutiedot
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2022020918278
Tiivistelmä
Microorganisms are present everywhere in the environment. They are present on and inside of all higher organisms and they can be harmful as well as useful for the host. Microorganisms play an important role in the evolution and thus make it important to study them. Microbiota is the name given for the totality of micro-organisms present in the environment and the microbiota of a particular habitat is known as the microbiome. Due to its presence in the biosphere and the human body, a large number of experiments including the human microbiome project (HMP) are carried out and a huge amount of data is produced.

The gut microbiome is one of the most studied microbiota. Microorganisms living in the host gut play several important roles like metabolic activity, anti-cancer activity, and anti-infection activity. A healthy individual has a balanced microbiota and any imbalance in them causes various diseases and health issues. Obesity or even certain cancers are caused by the imbalance of the microbes in the intestine.

This project focuses on developing a bioinformatics pipeline to analyse the gut microbiome in a dietary intervention study. The data used for this project was collected from a study which was aimed to study gastric cancer where we were exploring the role and difference in composition of the gut microbiome. This thesis handles the entirety of the data processing and analysis through R involving: pre-processing of data; phyloseq object generation; statistical analysis and visualization; diversity indices calculation (alpha and beta) and composition analysis of microbiomes. After completion of the project, one would be able to analyse the gut microbiome data with minimal effort.
Kokoelmat
  • Pro gradu -tutkielmat ja diplomityöt sekä syventävien opintojen opinnäytetyöt (kokotekstit) [9208]

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste
 

 

Tämä kokoelma

JulkaisuajatTekijätNimekkeetAsiasanatTiedekuntaLaitosOppiaineYhteisöt ja kokoelmat

Omat tiedot

Kirjaudu sisäänRekisteröidy

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste