Hyppää sisältöön
    • Suomeksi
    • In English
  • Suomeksi
  • In English
  • Kirjaudu
Näytä aineisto 
  •   Etusivu
  • 3. UTUCris-artikkelit
  • Rinnakkaistallenteet
  • Näytä aineisto
  •   Etusivu
  • 3. UTUCris-artikkelit
  • Rinnakkaistallenteet
  • Näytä aineisto
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Multi-modal meta-analysis of cancer cell line omics profiles identifies ECHDC1 as a novel breast tumor suppressor

Sipari Nina; Wennerberg Krister; Aittokallio Tero; Akimov Yevhen; Nordström Nora; Pietilä Elina A; Timonen Sanna; Jaiswal Alok; Tanoli Ziaurrehman; Lehti Kaisa; Fleischer Thomas; Gautam Prson

Multi-modal meta-analysis of cancer cell line omics profiles identifies ECHDC1 as a novel breast tumor suppressor

Sipari Nina
Wennerberg Krister
Aittokallio Tero
Akimov Yevhen
Nordström Nora
Pietilä Elina A
Timonen Sanna
Jaiswal Alok
Tanoli Ziaurrehman
Lehti Kaisa
Fleischer Thomas
Gautam Prson
Katso/Avaa
Publisher's pdf (1.438Mb)
Lataukset: 

Blackwell Publishing Ltd
doi:10.15252/msb.20209526
URI
https://doi.org/10.15252/msb.20209526
Näytä kaikki kuvailutiedot
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2021093048671
Tiivistelmä

Molecular and functional profiling of cancer cell lines is subject to laboratory‐specific experimental practices and data analysis protocols. The current challenge therefore is how to make an integrated use of the omics profiles of cancer cell lines for reliable biological discoveries. Here, we carried out a systematic analysis of nine types of data modalities using meta‐analysis of 53 omics studies across 12 research laboratories for 2,018 cell lines. To account for a relatively low consistency observed for certain data modalities, we developed a robust data integration approach that identifies reproducible signals shared among multiple data modalities and studies. We demonstrated the power of the integrative analyses by identifying a novel driver gene, ECHDC1, with tumor suppressive role validated both in breast cancer cells and patient tumors. The multi‐modal meta‐analysis approach also identified synthetic lethal partners of cancer drivers, including a co‐dependency of PTEN deficient endometrial cancer cells on RNA helicases.

Kokoelmat
  • Rinnakkaistallenteet [19207]

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste
 

 

Tämä kokoelma

JulkaisuajatTekijätNimekkeetAsiasanatTiedekuntaLaitosOppiaineYhteisöt ja kokoelmat

Omat tiedot

Kirjaudu sisäänRekisteröidy

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste