Hyppää sisältöön
    • Suomeksi
    • In English
  • Suomeksi
  • In English
  • Kirjaudu
Näytä aineisto 
  •   Etusivu
  • 3. UTUCris-artikkelit
  • Rinnakkaistallenteet
  • Näytä aineisto
  •   Etusivu
  • 3. UTUCris-artikkelit
  • Rinnakkaistallenteet
  • Näytä aineisto
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Genomic variation and strain-specific functional adaptation in the human gut microbiome during early life

Suvi M. Virtanen; Alice C. McHardy; Natalya Dorshakova; Jeffrey A. Porter; Damian R. Plichta; Raivo Uibo; Rachel A. Young; Ramnik J. Xavier; Sergei Mokurov; Heli Siljander; Jorma Ilonen; Andrew Brantley Hall; Sabine Rudolf; Philipp C. Münch; Timothy D. Arthur; Curtis Huttenhower; Xiaobo Ke; Mikael Knip; Raivo Kolde; Tommi Vatanen; Moran Yassour; Henry J. Haiser; Kristiina Luopajärvi; Harri Lähdesmäki; Edward J. Oakeley; Hera Vlamakis; Juhi Somani; Vallo Tillmann

Genomic variation and strain-specific functional adaptation in the human gut microbiome during early life

Suvi M. Virtanen
Alice C. McHardy
Natalya Dorshakova
Jeffrey A. Porter
Damian R. Plichta
Raivo Uibo
Rachel A. Young
Ramnik J. Xavier
Sergei Mokurov
Heli Siljander
Jorma Ilonen
Andrew Brantley Hall
Sabine Rudolf
Philipp C. Münch
Timothy D. Arthur
Curtis Huttenhower
Xiaobo Ke
Mikael Knip
Raivo Kolde
Tommi Vatanen
Moran Yassour
Henry J. Haiser
Kristiina Luopajärvi
Harri Lähdesmäki
Edward J. Oakeley
Hera Vlamakis
Juhi Somani
Vallo Tillmann
Katso/Avaa
Publisher's version (2.104Mb)
Lataukset: 

doi:10.1038/s41564-018-0321-5
Näytä kaikki kuvailutiedot
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2021042824502
Tiivistelmä

The human gut microbiome matures towards the adult composition during the first years of life and is implicated in early immune development. Here, we investigate the effects of microbial genomic diversity on gut microbiome development using integrated early childhood data sets collected in the DIABIMMUNE study in Finland, Estonia and Russian Karelia. We show that gut microbial diversity is associated with household location and linear growth of children. Single nucleotide polymorphism- and metagenomic assembly-based strain tracking revealed large and highly dynamic microbial pangenomes, especially in the genus Bacteroides, in which we identified evidence of variability deriving from Bacteroides-targeting bacteriophages. Our analyses revealed functional consequences of strain diversity; only 10% of Finnish infants harboured Bifidobacterium longum subsp. infantis, a subspecies specialized in human milk metabolism, whereas Russian infants commonly maintained a probiotic Bifidobacterium bifidum strain in infancy. Groups of bacteria contributing to diverse, characterized metabolic pathways converged to highly subject-specific configurations over the first two years of life. This longitudinal study extends the current view of early gut microbial community assembly based on strain-level genomic variation.

Kokoelmat
  • Rinnakkaistallenteet [19207]

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste
 

 

Tämä kokoelma

JulkaisuajatTekijätNimekkeetAsiasanatTiedekuntaLaitosOppiaineYhteisöt ja kokoelmat

Omat tiedot

Kirjaudu sisäänRekisteröidy

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste