Hyppää sisältöön
    • Suomeksi
    • In English
  • Suomeksi
  • In English
  • Kirjaudu
Näytä aineisto 
  •   Etusivu
  • 3. UTUCris-artikkelit
  • Rinnakkaistallenteet
  • Näytä aineisto
  •   Etusivu
  • 3. UTUCris-artikkelit
  • Rinnakkaistallenteet
  • Näytä aineisto
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Metaproteomics of Gut Microbiota—Implementation and Computational Analysis

Juhani Aakko; Laura L. Elo; Raine Toivonen; Anne Rokka; Tomi Suomi; Sami Pietilä; Mehrad Mahmoudian; Arno Hänninen; Petri Kouvonen

Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Metaproteomics of Gut Microbiota—Implementation and Computational Analysis

Juhani Aakko
Laura L. Elo
Raine Toivonen
Anne Rokka
Tomi Suomi
Sami Pietilä
Mehrad Mahmoudian
Arno Hänninen
Petri Kouvonen
Katso/Avaa
Post Print (878.9Kb)
Lataukset: 

American Chemical Society
doi:10.1021/acs.jproteome.9b00606
URI
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.9b00606
Näytä kaikki kuvailutiedot
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2021042824810
Tiivistelmä

Metagenomic approaches focus on
taxonomy or gene annotation but lack power in defining functionality of gut
microbiota. Therefore, metaproteomics approaches have been introduced to
overcome this limitation. However, the common metaproteomics approach uses
data-dependent acquisition mass spectrometry, which is known to have limited
reproducibility when analyzing samples with complex microbial composition. In
this work, we provide a proof-of-concept for data-independent acquisition (DIA)
metaproteomics. To this end, we analyze metaproteomes using DIA mass
spectrometry and introduce an open-source data analysis software package diatools, which enables accurate and
consistent quantification of DIA metaproteomics data. We demonstrate the
feasibility of our approach in gut microbiota metaproteomics using laboratory
assembled microbial mixtures as well as human fecal samples. 

Kokoelmat
  • Rinnakkaistallenteet [19207]

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste
 

 

Tämä kokoelma

JulkaisuajatTekijätNimekkeetAsiasanatTiedekuntaLaitosOppiaineYhteisöt ja kokoelmat

Omat tiedot

Kirjaudu sisäänRekisteröidy

Turun yliopiston kirjasto | Turun yliopisto
julkaisut@utu.fi | Tietosuoja | Saavutettavuusseloste