Investigating prostate biopsy complications by utilizing OMOP Common Data Model and ATLAS
Vakkuri, Aino (2025-04-17)
Investigating prostate biopsy complications by utilizing OMOP Common Data Model and ATLAS
(17.04.2025)
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
suljettu
Julkaisun pysyvä osoite on:
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2025042531001
https://urn.fi/URN:NBN:fi-fe2025042531001
Tiivistelmä
Eturauhassyöpä on miesten yleisin syöpä. Eturauhassyöpä diagnosoidaan eturauhasbiopsian avulla. Transrektaalisen ultraääniohjatun eturauhasbiopsian (TRUS-Bx) ottoa pidetään turvallisena toimenpiteenä, vaikkakin infektiokomplikaatioiden määrä on kohonnut. Suomessa vakavien infektiokomplikaatioiden määrä on kuitenkin matala.
Hoitojen tehokkuudesta, turvallisuudesta ja tuloksista erilaisissa potilasryhmissä saadaan lisätietoa tosielämän tiedosta johdetulla näytöllä. OMOP CDM (OMOP Common Data Model) on tuonut merkittävän lisän tosielämän tiedosta johdettujen tutkimusten tekemiseen. OMOP CDM on standardoitu datamalli, jonka on kehittänyt Observational Health Data Informatics (OHDSI). Atlas on yksi tärkeimmistä työkaluista, jonka avulla tutkijat voivat luoda standardoidusta OMOP CDM datasta potilaskohortteja, jotka sopivat heidän tutkimuksiinsa. Tutkimuksen tarkoituksena on demonstroida eturauhasbiopsioihin liittyviä komplikaatioita OMOP CDM:n avulla sekä arvioida OMOP CDM:n ja Atlaksen käytettävyyttä.
Tutkimusjoukko sisältää kaikki Turun yliopistollisen keskussairaalan eturauhasbiopsiapotilaat vuosilta 2010–2023. Atlaksen avulla luotiin kohortin käyttämällä standardeja toimenpidekoodeja.
Tutkimuksessa tarkastelimme biopsiamääriä sekä potilaiden ikää, biopsiaa edeltäviä komrobiditeettejä sekä biopsian jälkeisiä komplikaatioita.
Tutkimusryhmään kuului yhteensä 6098 miestä. Tutkittavien keski-ikä oli 69 vuotta (SD 8.59).
8.7 % tutkittavista sairastivat sidekudossairautta, joka oli yleisin komorbiditeetti tutkimusjoukossa. Yleisin komplikaatio 90 päivän kuluessa biopsian otosta oli infektio. 10 % tutkittavista sai infektion kolmen kuukauden sisällä biopsiasta.
Kliiniset tutkijat voivat hyödyntää Atlasta arvioidessaan RWE tutkimusten toteutettavuutta, esimerkiksi tutkiessaan tietyn potilaskohorttiin kuuluvien potilaiden määrää potilasdatassa. Tällä hetkellä Atlas ei ole käyttökelpoinen monimutkaisempiin analyyseihin.
Hoitojen tehokkuudesta, turvallisuudesta ja tuloksista erilaisissa potilasryhmissä saadaan lisätietoa tosielämän tiedosta johdetulla näytöllä. OMOP CDM (OMOP Common Data Model) on tuonut merkittävän lisän tosielämän tiedosta johdettujen tutkimusten tekemiseen. OMOP CDM on standardoitu datamalli, jonka on kehittänyt Observational Health Data Informatics (OHDSI). Atlas on yksi tärkeimmistä työkaluista, jonka avulla tutkijat voivat luoda standardoidusta OMOP CDM datasta potilaskohortteja, jotka sopivat heidän tutkimuksiinsa. Tutkimuksen tarkoituksena on demonstroida eturauhasbiopsioihin liittyviä komplikaatioita OMOP CDM:n avulla sekä arvioida OMOP CDM:n ja Atlaksen käytettävyyttä.
Tutkimusjoukko sisältää kaikki Turun yliopistollisen keskussairaalan eturauhasbiopsiapotilaat vuosilta 2010–2023. Atlaksen avulla luotiin kohortin käyttämällä standardeja toimenpidekoodeja.
Tutkimuksessa tarkastelimme biopsiamääriä sekä potilaiden ikää, biopsiaa edeltäviä komrobiditeettejä sekä biopsian jälkeisiä komplikaatioita.
Tutkimusryhmään kuului yhteensä 6098 miestä. Tutkittavien keski-ikä oli 69 vuotta (SD 8.59).
8.7 % tutkittavista sairastivat sidekudossairautta, joka oli yleisin komorbiditeetti tutkimusjoukossa. Yleisin komplikaatio 90 päivän kuluessa biopsian otosta oli infektio. 10 % tutkittavista sai infektion kolmen kuukauden sisällä biopsiasta.
Kliiniset tutkijat voivat hyödyntää Atlasta arvioidessaan RWE tutkimusten toteutettavuutta, esimerkiksi tutkiessaan tietyn potilaskohorttiin kuuluvien potilaiden määrää potilasdatassa. Tällä hetkellä Atlas ei ole käyttökelpoinen monimutkaisempiin analyyseihin.