RNA:n tunnistukseen perustuvan norovirustestilastun kehittäminen GenomEra CDX® -alustalle
| dc.contributor.author | Vainio, Jiri | |
| dc.contributor.department | fi=Biokemian laitos|en=Department of Biochemistry| | - |
| dc.contributor.faculty | fi=Luonnontieteiden ja tekniikan tiedekunta|en=Faculty of Science and Engineering| | - |
| dc.contributor.studysubject | fi=Biotekniikka|en=Biotechnology| | - |
| dc.date.accessioned | 2018-06-05T11:49:00Z | |
| dc.date.available | 2018-06-05T11:49:00Z | |
| dc.date.issued | 2018-06-05 | |
| dc.description.abstract | Noroviruksen aiheuttama äkillinen ruuansulatuskanavan tulehdus, eli gastroenteriitti on yksi maailman yleisimmistä sairauksista. Oireisiin lukeutuvat vatsakivut, pahoinvointi, oksentelu ja ripuloiminen. Norovirukset jaetaan viiteen genoryhmään, joista kolmeen (GI, GII, GIV) kuuluvien virusten tiedetään infektoivan ihmisiä. Genotyyppi GII.4 aiheuttaa kuitenkin reilusti suurimman osan infektioista. Norovirus ei yleensä ole hengenvaarallinen, eikä sen taltuttamiseen tarvita erityisiä hoitotoimenpiteitä. Gastroenteriitin aiheuttajan selvittäminen on kuitenkin tärkeää leviämisen estämiseksi, riskiryhmiin kuuluvien potilaiden seulonnassa, sekä epidemiatilanteissa. Käänteispolymeraasiketjureaktiota (RT-PCR) pidetään kultaisena standardina noroviruksen diagnostiikassa, koska tehokasta viljelymenetelmää ei ole olemassa. Diplomityössä kehitettiin yksivaiheiseen, reaaliaikaiseen, moniparametriseen RT PCR:ää, sekä kuivakemiareagensseja hyödyntävä norovirus-testilastu GenomEra CDX® alustalle (Abacus Diagnostica). Viruksen RNA monistetaan ulostenäytteitä sietävillä käänteiskopioija- ja DNA-polymeraasientsyymeillä, käyttäen sekvenssispesifisiä oligonukleotidi-alukkeita. Monistustuotteiden muodostumista havainnoidaan fluoresoivilla lantanidikelaateilla leimatuilla hydrolyysikoettimilla. Ulostetta ja kuivausta sietävien entsyymien löytymisen jälkeen siirryttiin alukkeiden ja koettimien testaukseen. Huolimatta noroviruksen vaikeasti mutatoituneesta genomista, in silico -analyysien, sekä PCR-testausten avulla löydettiin oligot, joilla testi kykenee havaitsemaan luotettavasti noroviruksen genoryhmät I ja II. Optimoidun kuivareagenssikomposition havaittiin sietävän ulostenäytteiden sisältämiä inhibiittoreita hyvin. Kehitetty herkkä ja tarkka kuivakemialastu on keskeinen komponentti diagnostisessa GenomEra Norovirus määrityksessä. | - |
| dc.format.content | abstractOnly | - |
| dc.identifier.olddbid | 161940 | |
| dc.identifier.oldhandle | 10024/145187 | |
| dc.identifier.uri | https://www.utupub.fi/handle/11111/5971 | |
| dc.language.iso | fin | - |
| dc.publisher | fi=Turun yliopisto|en=University of Turku| | - |
| dc.source.identifier | https://www.utupub.fi/handle/10024/145187 | |
| dc.title | RNA:n tunnistukseen perustuvan norovirustestilastun kehittäminen GenomEra CDX® -alustalle | - |
| dc.type.ontasot | fi=Diplomityö|en=Master's thesis| | - |