Immunokomplekseja sitovien vasta-aineiden tunnistaminen sekvenssianalyysillä
| dc.contributor.author | Sontag, Samu | |
| dc.contributor.department | fi=Biokemian laitos|en=Department of Biochemistry| | |
| dc.contributor.faculty | fi=Luonnontieteiden ja tekniikan tiedekunta|en=Faculty of Science and Engineering| | |
| dc.contributor.studysubject | fi=Biotekniikka (tekn.ala)|en=Biotechnology (tech. field)| | |
| dc.date.accessioned | 2019-11-05T22:00:30Z | |
| dc.date.available | 2019-11-05T22:00:30Z | |
| dc.date.issued | 2019-09-26 | |
| dc.description.abstract | Uuden polven sekvensointimenetelmät ovat kehittyneet viimevuosina nopeasti. Sekvensointilaitteiden kehittymisen myötä menetelmät ovat muuttuneet yhä luotettavammiksi, joustavimmiksi ja edullisimmiksi. Tämä on mahdollistanut uusien vasta-aineseulontamenetelmien kehittämisen, ja ennustaa uuden polven sekvensointimenetelmiin pohjautuvien tekniikoiden yleistymistä vasta-ainekehityksessä. Turun yliopiston biotekniikan laitoksella kehitettyjen synteettisten vasta-ainekirjastojen avulla on mahdollista seuloa vasta-aineita, joita on vaikea kehittää perinteisen eläinten immunisaation avulla. Tällä hetkellä faaginäyttötekniikan ongelmana on parhaiden vasta-aineiden löytäminen tuhansien kloonikandidaattien joukosta. Uuden polven sekvensointimenetelmät tarjoavat mahdollisuuden valvoa vasta-aineiden rikastumista faaginäyttöseulonnan aikana. Lisäksi käyttämällä DNA-pohjaisia viivakooditunnisteita voidaan sekvensoida yhden ajon aikana jopa kymmeniä eri näytteitä. Yhdistämällä kirjastoja voidaan vasta-aine kehitykselle selvittää optimaaliset olosuhteet pelkän uuden polven sekvensoinnista saadun tiedon perusteella. Tässä työssä hyödynnettiin uuden polven sekvensointitekniikkaa sekä bioinformatiikan työkaluja skatoli-, testosteroni-, mikrokystiini-LR- ja mikroystiini-RR-immunokomplekseja sitovien vasta-aineineiden tunnistamisessa, sekä niiden sitomisominaisuuksien määrittämisessä. Näytteinä käytettiin faaginäyttötekniikan ensimmäisen ja neljännen selektiokierroksen jälkeen eristettyjä kokonaisia scFv-M13-faageja sekä niistä eristettyä faagemidi-DNA:ta. Näytteet viivakoodattiin DNA-tunnistusalukkeilla ja sekvensoitiin Illumina Miseq sekvensointialustalla. Bioinformatiikkaa hyödyntäen sekvensseistä pystyttiin tunnistamaan CDRH3-alueet, joiden rikastumiskertoimia vertailemalla määritettiin sekvenssit, jotka ennustivat hyvää sitoutumista immunokomplekseja vastaan. Lisäksi sitoutumisominaisuuksien määrittämiseksi sekvenssien rakenteita vertailtiin toisiinsa klusterianalyysissä. Tutkimuksessa onnistuttiin löytämään uusia hyvin rikastuneita, mikrokystiini-LR:lle spesifisiä CDRH3-sekvenssejä, joita ei ole aiemmin pystytty Turun yliopistossa havaitsemaan perinteisiä menetelmiä käyttäen. Testosteroni- ja skatolikirjastoissa sekvenssien monimuotoisuus oli huomattavasti suurimpi kuin pidemmälle rikastetuissa mikrokystiinikirjastoissa. Skatolin tai testosteroni muodostamille immunokomplekseille ei tässä työssä onnistuttu sekvensointidatan perusteella löytämään muita selkeästi enemmän rikastuneita ja spesifisempinä erottuvia CDRH3-sekvenssejä. | |
| dc.format.extent | 49 | |
| dc.identifier.olddbid | 165291 | |
| dc.identifier.oldhandle | 10024/148439 | |
| dc.identifier.uri | https://www.utupub.fi/handle/11111/10502 | |
| dc.identifier.urn | URN:NBN:fi-fe2019110536743 | |
| dc.language.iso | fin | |
| dc.rights | fi=Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.|en=This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.| | |
| dc.rights.accessrights | avoin | |
| dc.source.identifier | https://www.utupub.fi/handle/10024/148439 | |
| dc.title | Immunokomplekseja sitovien vasta-aineiden tunnistaminen sekvenssianalyysillä | |
| dc.type.ontasot | fi=Diplomityö|en=Master's thesis| |
Tiedostot
1 - 1 / 1