Streptococcus pneumoniaen diagnostiikka

Abstract

Streptococcus pneumoniae, eli pneumokokki, aiheuttaa lieviä, vakavia ja invasiivisia bakteeri-infektioita. Vuonna 2022, vakavien pneumokokki-infektioiden ilmaantuvuus oli 10,5 tapausta per 100 000 suomalaista. Infektioiden hoito laajakirjoisilla antibiooteilla lisää painetta antibioottiresistenssin kehittymiselle. Pneumokokki on myös sopeutunut laajamittaiseen immunisaatioon, ja rokotesuojan ulkopuoliset serotyypit aiheuttavat kasvavan määrän infektioita populaatiossa. Ilmiön seuraamiseksi ja rokotekehityksen tueksi, sekä sopivan hoidon antamiseksi tarvitaan herkkiä, spesifisiä ja nopeita diagnostisia menetelmiä. Tämä tutkielma on katsaus pneumokokin diagnostisia menetelmiä käsittelevään kirjallisuuteen. Perinteiset, pneumokokin mikrobiologisiin ja biokemiallisiin ominaisuuksiin perustuvat menetelmät, kuten gram-värjäys ja sappisuolaliukoisuustesti, ovat edullisia ja helppoja, mutta hitaita, epäspesifisiä, ja häiriöherkkiä. Molekulaariset menetelmät, kuten qPCR, virtsan C-PS-antigeenitestit, 16S rRNA-geenin sekvensointi ja MALDI-TOF, ovat herkempiä, ja huomattavasti nopeampia kuin perinteiset menetelmät. Niillä voidaan analysoida polymikrobisia näytteitä ja tunnistaa epätyypillisiä pneumokokkeja. Ne voivat kuitenkin olla kalliita, ja epäspesifisiä mitis-ryhmän korkean sekvenssihomologian vuoksi. Näillä menetelmillä voidaan suorittaa lajitason ja antibioottiresistenssin tunnistus. Serotyypityksen kultainen standardi on Quellung-reaktio, joka on kallis ja erityisasiantuntemusta vaativa, eikä sillä voida tunnistaa kapselittomia variantteja. qPCR-serotyypitysmenetelmät ovat herkkiä, edullisia ja spesifisisiä, ja ne tunnistavat myös kapselittomat variantit. MLST on kallis, mutta sillä voidaan tunnistaa pneumokokki lajitasolla, serotyyppitasolla ja kantastasolla, sekä tutkia antibioottiresistenssiä ja virulenssigeenejä. Perinteisten ja molekulaaristen menetelmien yhdistäminen lienee paras vaihtoehto pneumokokin tunnistukseen, serotyypitykseen, sekä tarkempaan karakterisiontiin. Pneumokokin diagnostisia menetelmiä tulisi kehittää kuvailtujen haasteiden ylitsepääsemiseksi ja validoida jatkuvasti pneumokokin vahvan transformaatiokyvyn ja sopeutumiskyvyn vuoksi.