Pull-down -määritys

Abstract

Biologisten prosessien ymmärtämiseen, uusien lääkkeiden suunnitteluun ja aineiden fysikaalisten ominaisuuksien selittämiseen tarvitaan molekyylien välisten vuorovaikutusten tutkimista. Vuorovaikutusten tutkimiseen on kehitetty monia erilaisia menetelmiä ja yksi yleisimmistä on pull-down -määritys. Määritys on käytössä tutkimustyökaluna vuorovaikutusten identifioinnissa, sekä esimerkiksi proteiinikohteiden puhdistamisessa. Pull-down -määritys on yleisimmin käytössä proteiinien välisten vuorovaikutusten tutkimisessa, mutta sitä voidaan käyttää myös esimerkiksi vasta-aineiden, peptidien, nukleiinihappojen ja pienten molekyylien vuorovaikutusten tutkimisessa. Määrityksessä käytettävät menetelmät vaihtelevat tutkimuskohteen mukaan, mutta pääpiirteittäin se koostuu kiinteälle alustalle kiinnitetystä sitojamolekyylistä, kohdemolekyylistä, pesuvaiheita, sekä analyyttisestä mittausmenetelmästä. Määrityksessä sitojamolekyyli (esimerkiksi vasta-aine tai nukleiinihappo) immobilisoidaan kiinteälle alustalle (palloille tai kuoppalevylle). Immobilisoitu sitojamolekyyli inkuboidaan näytteen kanssa. Sitoutumattomat ja ei-halutut komponentit pestään pois pesuvaiheilla, jolloin jäljelle jäävät vain sitojamolekyyli ja siihen sitoutuneet kohdemolekyylit. Molekyylit eluoidaan kiinteästä alustasta ja analysoidaan esimerkiksi luminesenssillä tai massaspektrometrillä. Proteiinien välisten vuorovaikutusten tutkimusala on monitieteinen ja se kattaa kemian lisäksi biologian ja fysiikan näkökulmat. Vaikka pull-down -määritys on yksi käytetyimmistä menetelmistä proteiinien välisten vuorovaikutusten tutkimisessa, se ei kuitenkaan yksin riitä niiden yksityiskohtaiseen tarkasteluun, vaan vaatii monien eri menetelmien ja tieteenalojen yhdistämisen.