Ihmisen papilloomavirustyypin (HPV) 16 pitkän säätelyalueen HPV16 E2-proteiinien sitoutumiskohtien (E2BS) metylaatioiden tutkimusmenetelmän pystytys

Abstract

Ihmisen papilloomavirukset (HPV) on yhdistetty arviolta 28 %:iin virusten aiheuttamista syövistä, joista yksi esiintymispaikka on pään ja kaulan alue. Metylaatio on yksi syövän syntyyn liitetty muutos solujen genomissa. Tämän syventävän työn tutkimuksen aiheena oli metylaatiomuutosten vaikutus E2-proteiinien sitoutumisessa HPV-tyypin 16 genomin onkogeeneina tunnettujen E6- ja E7-geenien alueelle (E2BS). Tarkoituksena oli pystyttää tutkimuslinja, jolla kyseisten sitoutumisalueiden metylaatioasteiden muutokset ja variaatiot voitaisiin havaita HPV-infektoituneissa solulinjoissa.

Lähtökohtana käytettiin Chaiwongkot ym. (2012) aiheesta julkaisemaa artikkelia, jonka tulokset pyrittiin toistamaan. Matalan (SiHa) ja korkean (CaSki) asteen HPV-infektoiduista kohdunkaulan levyepiteelisyöpäsolulinjoista eristetty DNA bisulfiittikäsiteltiin, monistettiin PCR:llä ja pyrosekvenoitiin. Saatujen sekvenssien metylaatioasteita verrattiin keskenään sekä aiempiin tutkimuksiin.

Tässä syventävien opintojen työssä saatiin pääosin toistettua Chaiwongkotin ym. (2012) saadut tulokset CaSki- ja SiHa-solujen metylaatiosta. CaSki-soluilla E2BS1-alueen metylaatioaste oli keskimäärin 38–42 % (s± 4,1–4,3), E2BS2-alueen 13 % (s± 0,6) ja E2BS3-4alueella 92–99 % (s± 11–42). SiHa-soluilla vastaavat luvut olivat 4-7 %, 2 % ja 5-8 %. CaSki- ja SiHa-soluilla E2BS-alueiden metylaatio oli verrannollinen HPV:n suureen kopiolukuun. Vähäisin merkitys oli E2BS2-alueella, kun taas E2BS1- ja E2BS3-4-alueet olivat vahvemmin metyloituneet. Menetelmässä kohdattuihin ongelmiin kuului E2BS1-alueen pyrosekvenointitulosten jääminen virhemarginaalien ulkopuolelle sekä itse pyrosekvenointimenetelmä.