Digitaali-PCR Nanokokoisten upkonvertoivien partikkeleiden käyttö leimana reaaliaikaisessa PCR:ssa
Turun yliopisto
Tässä tietueessa ei ole tiedostoja, ainoastaan metadata.
Pysyvä osoite
Verkkojulkaisu
DOI
Tiivistelmä
Deoksiribonukleiinihappo (engl. deoxyribo nucleic acid, DNA) on geneettistä tietoa sisältävä molekyyli, jolle kehitetään jatkuvasti uusia molekyylibiologisia sovelluksia. Yksi merkittävimmistä sovelluksista on DNA:n monistamisen mahdollistava polymeraasiketjureaktio (engl. polymerace chain reaction, PCR), josta kehitettiin myöhemmin paljon käytetty kvantitatiivinen reaaliaikainen PCR (engl. quantitative real-time polymerase chain reaction, qPCR). Uudempana menetelmänä on kehitetty kvantitatiivinen digitaali-PCR (engl. digital polymerase chain reaction, dPCR), joka perustuu digitaaliseen tulokseen ja tilastolliseen jakaumaan. Menetelmä ei korvaa edellä mainittuja PCR- ja qPCR-menetelmiä vaan toimii ennemminkin vaihtoehtoisena PCR:n toteutustapana. DPCR mahdollistaa tarkkojen ja toistettavien määritysten tekemisen minimaalisella näytemäärällä. Yhdessä nämä menetelmät tarjoavat tärkeän alustan nukleiinihappodiagnostiikalle, sekä olennaiset työkalut bio-alojen osaajille.
Täysin uusien PCR-menetelmien ohella tapahtuu jatkuvaa kehitystä PCR:n kannalta tärkeiden komponenttien, kuten entsyymien, koetinmenetelmien ja leimojen osalla. Tämän työn kokeellisessa osassa tutkittiin upkonvertoivien nanopartikkeleiden (engl. upconverting nanophosphor, UCNP) soveltuvuutta käytettäviksi leimamolekyyleinä qPCR:ssa. Partikkelit ovat epäorgaanisia NaYF4:Yb3+,Er3+ -kiteitä, joilla on ainutlaatuinen kyky muuttaa lähi-infrapuna säteilyä näkyvän valon aallonpituuden emissioksi. Työn aikana onnistuttiin luomaan reaktio-olosuhteet, joissa UCNP:t säilyttivät signaalinsa PCR:n aikana. QPCR:ssa perinteisesti nähtävän sigmoidaalisen signaalivasteen aikaansaaminen tutkimuksessa käytetyllä koetinmenetelmällä vaatii kuitenkin vielä lisätutkimusta ja optimointia.
Kuvaus
Siirretty Doriasta